Выездная проверка компании с обособленными подразделениями: нюансы

Смотреть Содержание

Проведение выездной налоговой проверки в компании, имеющей филиалы, — это всегда повышенные риски и сложности. Налоговый орган может проверить как всю организацию целиком, так и любое обособленное подразделение самостоятельно.

Знание нюансов двух этих сценариев, сроков и порядка взаимодействия с ИФНС поможет компании грамотно выстроить процедуру проверки.

Выездная проверка

Основания для выездной проверки: почему инспектор пришел к вам

Перед тем, как разобраться с нюансами проведения выездной проверки (ВНП) в компании с обособленными подразделениями, разберемся с причинами, почему компания или обособка попала в поле зрения ФНС.

Обратите внимание на Приказ ФНС от 30.05.2007 № ММ-3-06/333@ - это концепция планирования ВНП. Отбор плательщиков проходит на основе проведения предпроверочного анализа. Инспекторы анализируют большие массивы информации и данных (отчетность, документы, открытую информацию с сайта и пр.) и ищут критерии риска.

Критерии риска, особенно актуальные для компаний с обособленными подразделениями:

👉 налоговая нагрузка ниже среднего уровня по отрасли (как в целом по юрлицу, так и отдельно по регионам присутствия обособленного подразделения);

👉 убытки в отчетности на протяжении нескольких лет (компания с филиалами показывает постоянные убытки, ИФНС будет подозревать, что убытки головной компании искусственно завышаются за счет трансфертного ценообразования, необоснованных расходов филиалов);

👉 большая доля вычетов НДС;

👉 среднемесячная зарплата сотрудника ниже, чем в аналогичном бизнесе региона (если в одном субъекте зарплата в пределах нормы, а в другом – ниже, то инспекторы могут заподозрить схему выдачи зарплаты в конвертах);

👉 заключение договоров с контрагентами-посредниками без разумных экономических причин (для компании с филиалами риски по контрагентам умножаются, так как каждый филиал вправе работать со своим пулом поставщиков);

👉 миграция между ИФНС (частая смена юрадреса головной организации, адресов обособленных подразделений привлекут внимание).

Инспекция, обнаружившая нарушения при проведении предпроверочного анализа, направит компании приглашение явиться для объяснения ситуации и предложит самостоятельно уточнить обязательства. Если компания проигнорирует вызов, то скорее всего ее включат в план ВНП. Об этом сказано в Письме ФНС от 10.03.2021 № СД-19-2/141.

Два сценария выездной проверки для компании с обособленными подразделениями

Ст. 89 НК РФ предусматривает два формата проведения выездной проверки компаний с обособленными подразделениями.

Общая выездная проверка (головное и обособленные подразделения)

Решение о назначении проверки примет ИФНС по месту нахождения головной организации (п. 2 ст. 89 НК РФ). Проверка включается в себя комплексные мероприятия по правильности исчисления и уплаты налогов всех уровней (федеральных, региональных, местных).

В Письме ФНС России от 25.07.2013 № АС-4-2/13622@ установлены рекомендации для территориальных налоговых инспекций. Не позднее, чем за месяц до начала проверки инспекция-инициатор направляет запросы в налоговые органы по месту нахождения каждой обособки с просьбой выделить сотрудников для проведения проверки на местах.

Запрос содержит все детали:

  • наименование обособленного подразделения;
  • адрес;
  • КПП;
  • периоды;
  • налоги к проверке.

Решение формируется одно на всех, но соответствует количеству ОП. Проверка в обособленном подразделении может начаться раньше, чем в головной организации. Проверяя обособки в рамках ВНП, инспекторы на местах исполняют задания, направленные налоговой инспекцией головной организации.

💡 По итогам проведения формируется единый акт проверки. Все выявленные нарушения в деятельности ОП включаются в этот единый акт, и решение о привлечении к ответственности также выносится в отношении головной компании.

При определении количества ВНП, не учитываются те, которые проводились, как самостоятельные ВНП филиалов и представительств.

Самостоятельная выездная проверка обособленного подразделения, филиала

Даже без проверки головной компании, налоговая вправе устроить самостоятельную проверку конкретного филиала, обособленного подразделения (п. 7 ст. 89 НК РФ). Но цели ограничены: разрешено проверять налоги, идущие в бюджет региона, города (например, на имущество, транспортный, земельный).

Уровни налогов в России: федеральные, региональные и местные
25 августа 2025 г. 10:00
{{ article_page.get_title_in_list }}

Что не вправе делать налоговая при самостоятельной проверке обособленных подразделений:

✅ Нельзя проверять одно и то же ОП по одному налогу, за один период два и более раз.

✅ В течение одного календарного года нельзя проверять один филиал больше двух раз, даже если проверяют разные налоги.

✅ Превышать установленный НК РФ срок для проведения самостоятельной проверке обособленного подразделения – 1 месяц.

✅ В таком случае решение выносит ИФНС по месту нахождения конкретного филиала, представительства.

✅ По итогам ВНП акт направляют в налоговую головной компании.

Срок проведения: почему проверка может затянуться на месяцы

Наличие обособленных подразделений - законное основание для значительного увеличения сроков проведения ВНП. Общий стандартный срок проведения ВНП – 2 месяца. Но его вправе продлить до 4 или 6 месяцев.

Рассмотрим, что это за случаи (Приложение №6 Приказа ФНС от 07.11.2018 № ММВ-7-2/628@):

  • проверяется крупнейший плательщик;
  • у налоговой появилась новая информация в ходе ВНП;
  • у компании много филиалов (до 4 месяцев, если у компании от 4 обособленных подразделений, до 6 месяцев, если филиалов больше 10);
  • непредставление документов;
  • противодействие проверке и т.д.

Срок продлевается на основании мотивированного запроса в вышестоящий налоговый орган с объяснением причин. После этого принимается решение о продлении срока ВНП.

Кого оштрафуют при проведении ВНП в головной организации и ее обособленных подразделениях

Филиал – это не самостоятельное лицо. Согласно ГК РФ и НК РФ, филиалы и представительства не являются юридическими лицами, а выполняют поручения головной организации.

Все акты, требования об уплате недоимки, пеней и штрафов выносятся и направляются именно ей. Взыскание задолженности производится с расчетного счета головного офиса, даже если недоимка возникла по вине отдаленного филиала.